A Faculdade Filosofia, Ciências e Letras seria responsável pelas disciplinas do ciclo básico e pela formação dos professores para o ensino secundário. Desde o início do Seminários, tinha ficado clara a grande falta de professores secundários no Ceará. Para os participantes dos Seminários, isso tinha direto impacto na Universidade, pois afetava os novos ingressos na instituição, tanto sua quantidade como sua qualificação, como o próprio desenvolvimento regional, aquele que era colocado como o objetivo mesmo da própria Universidade. Isso levou ao apoio da criação das Faculdades de Filosofia no interior, logo agregadas como ações paliativas. Contudo, a grande solução proposta era Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade do Ceará, que serviria de modelo e referência para as demais no estado.
A Faculdade foi sendo instalada progressivamente, tanto com relação aos cursos de graduação, como com relação à responsabilidade das disciplinas do ciclo básico. Na medida em que os cursos eram criados e instalados, as Faculdades e Escolas deveriam passar a responsabilidade das disciplinas para FFCL. Ao mesmo tempo, os Institutos de Ciência, Química e Tecnologia (1958), Matemática e Física (ambos de 1960), que haviam sido criados antes e eram responsáveis pela pesquisa básica na UC, ajudaram na formulação dos currículos e dos programas das respectivas disciplinas. Posteriormente, já com o Estatuto reformado, após o III Seminário Anual dos Professores, que saiu em 1962, a formação de pesquisadores na área de ciências básicas passou a ser compartilhada entre a FFCL e os Institutos básicos, sendo prevista a criação de mais três além dos já citados: Ciências Geológicas, Ciências Biológicas e Ciências Sociais, os quais foram criados com a lei de reestruturação da UFC em 1968 (Decreto nº 62.279, de 20 de fevereiro de 1968), os primeiros como Instituto de Biologia e Instituto de Geociência e o último como Faculdade de Ciências Sociais e Filosofia, como resultado do desmembramento da FFLC.
A Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da UFC teve seu fim com a Reforma Universitária impingida pela Ditadura. Ao decorrer da década de 1960 a ideia das Faculdades de Filosofia passaram por uma série de críticas, principalmente quanto a efetividade de seus objetivos de dentro da estrutura dessas instituições. Criticava-se o aumento desse tipo de estabelecimento sem que isso tivesse levado a formação de novas Universidade ou que se modificasse a estrutura das Universidades existentes. No geral, a avaliação era de que as Faculdades de Filosofia tinham se adaptado ao sistema de Escolas e Faculdades existentes, não o transformado, não realizando um de seus objetivos. Da mesma forma, a centralização do ensino básico ainda não tinha se efetivado, minando outro dos objetivos dessas instituições. Outro objetivo considerado inalcançado pelas Faculdades de Filosofia foi o incentivo a pesquisa básica, com exceções em algumas Universidades, normalmente sendo elencando os casos da Faculdade Nacional de Filosofia e da FFCL da USP.
A missão mais efetiva que os críticos das Faculdades de Filosofia consideravam atingida, pelo menos de forma menos deficiente, foi a formação de professores. Contudo, apesar do crescimento expressivo do número de novos professores, a quantidade desses profissionais ainda era considerada insuficiente. Além disso, esses críticos apontavam a deficiência dos Departamentos de Educação dessas Faculdades, colocando que, na maioria das vezes, a preocupação com o ensino na formação dos professores acabava sendo secundária à especialização escolhida pelo formando. Seguindo o modelo americano dos Teacher’s Colleges, esses educadores, em especial vinculados ao Conselho Federal de Educação, propunham a criação de Faculdades de Educação, com o objetivo de centralizar a pesquisa educacional e a oferta de disciplinas para a formação de novos professores, assim como formar melhor técnicos específicos para educação escolar.
Independente das críticas, o que se percebe é que as Faculdades de Filosofia não se adequavam mais ao projeto de Reforma Universitária do Regime Militar, em especial ao seu projeto tecnicista e autoritário de modernização conservadora. Fruto de outros tempos, essas instituições de ensino eram pautadas em uma dimensão politizada da cultura nacional que os alguns protagonistas do Golpe podiam até compartilhar, mas que, com certeza, todos os que tramaram e apoiaram o regime instalado pós-1964 tinham plena consciência dos perigos.
Quanto à UFC, a Reforma Universitária foi ao encontro de muitas das políticas que estavam se desenvolvendo na Universidade, em especial porque um dos educadores que mais protagonizou o processo de pensamento e desenvolvimento da proposta da Reforma foi o professor Valnir Chagas, do Departamento de Educação da FFCL e, posteriormente, da Faculdade de Educação da UFC. Ironicamente, o professor Valnir Chagas era um dos grandes defensores da “solução” Faculdades de Filosofia, mas acreditava, já em 1967, que não haveria mais condições “psicológicas” para restaurar a sua concepção original.